Alcalá de Henares fue confinada el uno de octubre por las medidas aprobadas por la Consejería de Sanidad de la Comunidad de Madrid. Esas mismas medidas fueron suspendidas por el Tribunal Superior de Justicia de la comunidad de Madrid el nueve de octubre, el mismo día que el presidente del Gobierno, Pedro Sánchez declaraba el Estado de Alarma en la Comunidad de Madrid.
Sin embargo, aunque actualmente la Comunidad de Madrid entera esté en Estado de Alarma, se permite la entrada y salida del municipio de Alcalá de Henares, por estar excluida la ciudad del Real Decreto 900/2020, de 9 de octubre del gobierno de España. Por lo demás, continúan vigentes todas las demás medidas de la Orden 1273/2020, de 1 de octubre, de la Consejería de Sanidad de la Comunidad de Madrid, por la que se establecen medidas preventivas en determinados municipios de la Comunidad de Madrid.